革命历228年E.U.联盟联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）和中尉阿基德（入野自由 配音）在巴黎期间化险为夷将企图绑架吉恩·史麦拉斯将军（石冢运升 配音）的11区日本少年成濑幸也（松冈祯丞 配音）、佐山流（日野聪 配音）和香坂彩乃（日笠阳子 配音）招募到W Zero部队在另一边的帝国内信·修加·夏音度（松风雅也 配音）成功篡位被封为圣米迦勒骑士团的团长即将迎来和阿基德的宿命重逢E.U.联盟对成濑等人充满不信任感时刻密切监视着他们不久联盟决意将W Zero部队空投至帝国的腹地华沙执行死亡任务蕾拉坚持和阿基德以及新加入的三个战士同往等待他们的是圣米迦勒骑士团的强敌……